单细胞测序解决方案

案例分享

单细胞测序表征胃癌异质性

我们对来自2例胃癌患者的肿瘤和癌旁组织的19000多个单细胞以及相应患者来源的胃癌类器官样本进行了一致性分析。基于BD Rhapsody系统高精度的单细胞RNA-Seq测序，经过质控后，保留16183个细胞的高精度单细胞转录组作进一步分析（图1 A）。我们通过SingleR对单细胞数据集中的细胞进行标记注释，将这些细胞分为九簇，分别被标记为B细胞、T细胞、内皮细胞、嗜酸性粒细胞、上皮细胞、成纤维细胞、造血干细胞、单核细胞、中性粒细胞 (图1B)，标志基因的表达也验证亚群注释的准确性，通过PTPRC（CD45）的表达证实样本中免疫细胞的富集，而CD3和CD8也标志着T细胞亚群的特异性（图1C）。同时这些结果还显示胃癌组织来源的类器官主要由上皮细胞组成，EPCAM高度集中，含有少量成纤维细胞（图1D）。与之不同的，胃癌和癌旁组织细胞类型丰富，免疫细胞尤其是T/B细胞在体内肿胃癌织和癌旁组织中强烈富集，但在肿瘤来源的类器官中能检测到的比例极低(图1E)。

这些结果表明：与胃癌组织相比，癌旁组织细胞组成具有一定的变化，并且表现出与肿瘤样本相似的细胞亚群组成。体外构建的肿瘤来源的类器官样本则一定程度上反映了体内肿瘤细胞的生物学特征和细胞亚群组成。